弥生会計からfreeeへのデータ移行手順|移せるデータ・時期・残高確認まで解説
経理 業務代行・アウトソーシング
弥生会計からfreee会計へ移すときに、何がどの機能で移せるのか、いつ移すのか、取り込んだ後に何を照合するのかを、版ごとの違いも含めてまとめました。
累計2,000社以上をサポートしてきたタクシタ運営チームが、会計ソフトの乗り換えのご相談で聞かれやすい内容をまとめました。
弥生会計(デスクトップ版・弥生会計 オンライン)からfreee会計へのデータ移行について、移せるデータ、手順、時期の決め方、移行後の残高確認までを掲載しています。
弥生会計は版によってfreee側の取り込み方が異なるため、手順はfreee・弥生の公式ヘルプで確認できたものに限り、版ごとに経路を分けて整理しました。
「期首に合わせて乗り換えたい」「期の途中で切り替えることになった」「取り込みでエラーが出て止まっている」「取り込んだ残高が弥生の試算表と合わない」——どの状況にも当てはめられるよう、手順と時期の両面から整理した内容です。
なおタクシタでは、移行後の残高確認や日々の記帳を、社内で続けるか外部と分担するかの整理を無料でご相談いただけます。
作業を始める前の確認先としてお使いください。
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タクシタ経理なら、クラウド会計の導入支援や業務フローの設計から、移行後の記帳・経費精算・月次決算の帳簿締めまでをご相談いただけます。freee会計や弥生会計オンラインなど主要なクラウド会計に対応し、月額5万円〜でご依頼いただけます。

目次
弥生会計からfreee会計に移せるデータと、版による経路の違い
freeeのヘルプで弥生会計から移行できるとされているのは、勘定科目・補助科目・開始残高(補助残高を含む)・仕訳データ・固定資産データ(法人のみ)の5種類です。
ただし、同じ「弥生会計」でもデスクトップ版と弥生会計 オンラインでは、freee側で使う取り込み機能が異なります。
| 項目 | 弥生会計(デスクトップ版) | 弥生会計 オンライン |
| 弥生側の書き出し | 各画面の[ファイル]→[エクスポート]で汎用形式のCSVを出力 | 「高度な機能」→「弥生データのエクスポート」で期首残高・取引データをテキストファイルで出力 |
| 仕訳の取り込み | freeeの[弥生会計仕訳インポート](弥生専用の機能) | freeeの仕訳テンプレートに転記し、[他社会計ソフト仕訳のインポート]で取り込む |
| 勘定科目・補助科目 | 「弥生会計勘定科目インポート」「弥生会計補助科目インポート」 | 弥生専用の科目インポートでの手順はヘルプに記載なし。仕訳を取り込む際に、未登録の科目の登録や補助科目の割り当てができる |
| 開始残高 | 「弥生残高試算表」「補助残高一覧表」のインポート | 勘定科目と残高を並べたCSVを「その他会計ソフト」の形式で取り込む方法や、手入力 |
| 固定資産台帳 | 法人は[固定資産のインポート(弥生会計)] | 弥生専用のインポートの案内はなし |
出典:freeeヘルプセンター「弥生会計から仕訳データを移行する」「弥生会計から開始残高を移行する」「弥生会計から勘定科目・補助科目を移行する」「他社会計ソフトから仕訳データを移行する」、弥生サポート情報「弥生データのエクスポート」(2026年11月2日確認)
なお、口座の明細の同期設定、弥生で使っていた入力の仕組み、証憑の画像は「乗換可能なデータ」の一覧に入っていません。
これらはfreee側で設定し直す前提で、置き場所や入力ルールを決めておくと安心です。
弥生会計 Next など別の製品を使っている場合は、freee・弥生の双方のサポート情報で経路を確かめてから進めてください。
取り込みの前に決めておくこと
タクシタ運営チームが開催したセミナーでは、フィールドセールスの責任者が、社内だけで運用していると属人的なルールが増え、会計ソフトに乗せにくくなると話しています。
弥生で長く積み上がった科目の使い方を、取り込む前にfreeeの仕組みに合わせて整理しておくと、手戻りを減らせます。
補助科目と部門の対応表を作る
freeeでは、弥生の補助科目に当たる情報を「口座」「取引先」「品目」に分けて扱い、部門は「部門タグ」として扱います。
| 弥生会計での登録 | freee会計での置き換え先 | freeeのヘルプでの扱い |
| 普通預金(補助科目:◯◯銀行) | 口座「◯◯銀行(普通)」 | 取り込む前に口座を登録し、補助科目と口座名を一致させる |
| 売掛金(補助科目:A社) | 勘定科目「売掛金」+取引先「A社」 | 売掛金・買掛金・未払金などの開始残高の内訳は、取引先でのみ登録できる |
| 消耗品費(補助科目:文房具) | 勘定科目「消耗品費」+品目「文房具」 | 品目ごとに集計できる |
| 部門(例:営業部) | 部門タグ「営業部」 | freeeで部門に階層を設定している場合、仕訳に付けられるのは末端の部門だけ |
デスクトップ版の弥生会計仕訳インポートで部門がどう扱われるかは、freeeのヘルプに個別の記載がありません。
部門別に管理している会社は、取り込んだ後に部門ごとの集計で確かめておきましょう。
対応表は、移行後に「なぜこの設定にしたのか」を説明する資料として、作業の記録と一緒に共有の場所へ残しておくと役立ちます。
消費税の経理方式をそろえる
freeeのヘルプによると、弥生から出力した仕訳は、税込経理では消費税額の欄が空欄、税抜経理では課税取引の行に消費税額が入った状態になります。
弥生で採用していた経理方式を、freeeの設定でも選んでいるかを取り込みの前に確認してください。
また弥生のサポート情報では、本則課税の場合、汎用形式は仕入税額控除を適用した後の金額で書き出されると説明されています。
freeeへは汎用形式で出力して取り込むため、控除の扱いが気になる場合は取り込む前に税理士にご確認ください。
弥生会計(デスクトップ版)からfreee会計への移行手順
画面の名称は変わることがあるため、作業の際は各社の最新のヘルプもあわせてご覧ください。
手順1:freeeに口座を登録する
freeeのヘルプでは、データの移行にあたって、同期の有無にかかわらず口座の作成が必要とされています。
銀行口座・クレジットカード・現金など、事業で使う口座を先に登録しておきます。
インポートの実行には「バックアップ権限」が必要とされているため、作業する人の権限もこの段階で確かめておきましょう。
手順2:勘定科目・補助科目を取り込む
弥生会計の[設定]メニューから[科目設定]を開き、[ファイル]→[エクスポート]で「勘定科目一覧表」と「補助科目一覧表」を汎用形式のCSVで保存します。
freeeでは[マスタ・口座]→[勘定科目]→[インポート]から「弥生会計勘定科目インポート」「弥生会計補助科目インポート」を選んで取り込みます。
新しく追加される勘定科目にはカテゴリー・決算書の表示名・消費税区分などを設定し、補助科目は対応表どおりに割り当てます。
事業所の設定で取引先コードを有効にしている場合は、新しい取引先を取り込めないとされている点に注意が必要です。
手順3:開始残高を取り込む
弥生会計でfreeeを使い始める年度(今期)のデータを開き、[集計]メニューの[残高試算表(月次・期間)]で[全期間]を選びます。
[ファイル]→[エクスポート]で、書式は「汎用形式」、区切り文字は「カンマ(CSV)形式」、出力対象は「貸借対照表」を選んで出力します。
freeeでは[その他設定]→[開始残高]→[残高データをインポート]で乗り換え元に弥生会計を選び、「弥生残高試算表」をアップロードします。
預金や取引先ごとの内訳は、その後に「補助残高一覧表」をインポートするか、手入力で登録します。
弥生側では[集計]メニューから補助残高一覧表を開き、出力したい内容を表示した状態で[ファイル]→[エクスポート]から書き出せると、弥生のサポート情報で案内されています。
弥生は「普通預金」など預金の種類ごとに残高を持っているため、freeeでは口座ごとの残高に登録し直し、「普通預金」「当座預金」「定期預金」の行は削除する流れです。
手順4:仕訳データを取り込む(期中の乗り換えや前期比較をする場合)
弥生会計の仕訳日記帳で出力したい期間を選び、[ファイル]→[エクスポート]で書式を「汎用形式」、ファイル形式を「カンマ区切り(CSV)形式」にして保存します。
拡張子がtxtになっている場合は、csvに変えておきます。
freeeでは[取引入力]→[振替伝票]の右上にある[インポート]から[弥生会計仕訳インポート]を選び、画面のステップに沿って取り込みます。
取り込んだ仕訳は振替伝票として登録され、[インポート履歴]から確かめられます。
仕訳の多い会社は、1ファイルの行数の上限(後述のエラー表)に合わせて分けて取り込みます。
手順5:固定資産台帳を取り込む(法人のみ)
弥生会計の[拡張機能]→[固定資産管理]→[固定資産一覧]を開き、[ファイル]→[エクスポート]で出力します。
freeeでは[決算申告]→[固定資産台帳]→[インポート]→[固定資産のインポート(弥生会計)]から取り込みます。
弥生で計上した減価償却費の仕訳も取り込んでいる場合は、減価償却費の仕訳の作成を「計上しない(来年度から)」にして二重計上を防ぎます。
freeeの固定資産台帳は除却のみに対応しているため、弥生で売却を入力した資産は取り込めないとされています。
減価償却費を営業外費用に按分していた場合は、その割合を販売管理費に合算してから取り込む必要があります。
個人向けの弥生会計からの固定資産インポートは非対応で、汎用形式に変換して取り込むよう案内されています。
弥生会計 オンラインからfreee会計への移行手順
弥生会計 オンラインの場合、freeeのヘルプでは、仕訳データをfreeeの仕訳テンプレートに転記して取り込む方法が案内されています。
弥生会計 オンラインからデータを書き出す
メニューの「高度な機能」から「弥生データのエクスポート」を開き、対象年度と出力形式を選びます。
「期首残高」と「取引データ」をそれぞれダウンロードでき、取引データは出力する期間を指定します。
出力されるのはテキストファイルで、表計算ソフトでも読み込めると案内されています。
仕訳はテンプレートに転記して取り込む
freeeの仕訳テンプレートには、主にWindows向けの「Shift-JIS」版と、MacやGoogleスプレッドシート向けの「UTF-8」版があります。
転記したファイルは[取引入力]→[振替伝票]→[インポート]→[他社会計ソフト仕訳のインポート]から取り込み、税額の扱いや読み込む列、科目・補助科目・税区分の対応をその場で設定します。
| 転記で気をつけたい点 | freeeのヘルプでの扱い |
| ファイルの上限 | ファイルサイズ64MB・50,000行まで |
| マイナスの金額 | 「-1000」のように先頭に半角マイナスを付ける。「▲」や括弧の形式は正しく取り込めない |
| 伝票番号 | 同じ番号の行が1つの仕訳として取り込まれる。freeeに同じ日付・同じ伝票番号の取引があるとエラーになる |
| 摘要 | 1つの仕訳につき1つまで。貸借で分かれている場合は共通の摘要にする |
| 勘定科目「複合」 | 「複合」で取り込むと年度締めができないため、「諸口」などを使う |
| 在庫棚卸・減価償却の仕訳 | 仕訳で取り込んだうえでfreeeの[決算申告](または[確定申告])メニューからも入力すると処理が重複する。必要に応じてファイルから削除する |
| 税抜経理の税額 | 税抜経理の場合は税額の入力が必須 |
出典:freeeヘルプセンター「他社会計ソフトから仕訳データを移行する」(2026年10月30日更新版を2026年11月2日に確認)
開始残高は前期末の貸借対照表をもとに登録する
開始残高は、勘定科目と残高を1行ずつ並べたCSVを「その他会計ソフト」の形式で取り込む方法が、freeeのヘルプで案内されています。
補助科目の残高は、勘定科目の残高を取り込んだ後に、別のファイルで2段階に分けて取り込みます。
弥生会計 オンラインで出力した期首残高のファイルを、加工せずにこの形式で取り込めるかどうかは、freeeのヘルプでは確認できませんでした。
列の並びが合わない場合は、freeeのサンプルファイルの形式に合わせて加工するか、手入力で登録する方法があります。
移行の時期は「期首か期中か」「前期と比べるか」で決める
freeeのヘルプでは、乗り換えの進め方を、期首に乗り換えるか期の途中で乗り換えるかと、前期との比較をするかどうかの組み合わせで4つのパターンに分けています。
| パターン | 乗り換えの時期 | 前期比較 | 必要な作業 |
| 1 | 期首 | しない | 当期の期首時点の開始残高を登録する |
| 2 | 期首 | する | 前期の会計年度に切り替える→前期の期首時点の開始残高を登録→前期分の仕訳を取り込む→前期の年度締め |
| 3 | 期中 | しない | 当期の期首時点の開始残高を登録→今期分(直近まで)の仕訳を取り込む |
| 4 | 期中 | する | パターン2の作業→今期分(直近まで)の仕訳を取り込む |
出典:freeeヘルプセンター「【法人】他社会計ソフトからのデータ乗り換えの流れまとめ」(2026年11月2日確認)
作業が最も少ないのはパターン1で、開始残高の設定だけで済みます。
期首に乗り換える場合
前期と比べない場合(パターン1)、登録する開始残高は当期の期首時点、つまり前期末の貸借対照表の数字です。
前期と比べる場合(パターン2)は、前期の会計年度に切り替えて、前期の期首時点の残高から登録します。
前期の決算が固まる前に登録すると、決算整理の仕訳が入った後で残高を直す手間が出るかもしれません。
顧問税理士に前期決算の確定時期を確かめ、開始残高を登録する日を逆算しておくと進めやすくなります。
期の途中で乗り換える場合
期中に切り替える場合は、期首の開始残高に加えて、期首から切り替え日までの仕訳を取り込みます。
切り替え日を月末で区切っておくと、弥生の月次の試算表とfreeeの数字を月単位で突き合わせやすくなるでしょう。
切り替え後もしばらく弥生への入力を続ける場合は、どの日付の取引からfreeeで入力するかを先に決め、同じ取引を二重に登録しないようにしておきましょう。
取り込みでつまずきやすいエラーと対処
freeeのヘルプ「乗り換え(データ移行)のトラブルシューティング」から、弥生会計からの移行で出やすいものを抜き出しました。
| 表示されるエラー | 当てはまる状況 | 対処 |
| CSVの読み込みに失敗しました | 弥生から「弥生形式」で出力した | 書式を「汎用形式」にして出力し直す |
| 5000行以上のデータはアップロードできません | 弥生会計仕訳インポートで大きなファイルを取り込んだ | 5,000行以内に分割する。分割した各ファイルにも見出し行が必要 |
| 開始残高で貸借が合わないというエラー | 弥生の残高試算表を取り込んだ | [明細行]の部分だけを抜き出し、「その他」の形式から取り込む |
| 伝票番号が同じ仕訳で借方と貸方の金額が合わないというエラー | 貸借の合わない仕訳や、同じ行にプラスとマイナスの金額が混ざった仕訳がある | 金額を直す。マイナスは「-1,000」の形式で入力する |
| 親部門「◯◯」は取引に設定できません | 仕訳の部門が、freeeで親部門に設定されている | freee側の親部門の名前を変える |
| 勘定科目「◯◯」が見つかりません | 一度取り込んだデータと、そのとき新規登録した科目を削除してから取り込み直した | 先に勘定科目を登録してから取り込み直す |
出典:freeeヘルプセンター「乗り換え(データ移行)のトラブルシューティング」(2026年11月2日確認)
取り込みをやり直すときは、前回の科目の対応がfreeeに記録されている点に注意が必要です。
対応を変えたい場合は「科目のインポート設定」から過去の設定を削除するよう、freeeのヘルプで案内されています。
移行後の残高確認の進め方
取り込みでエラーが出なくても、科目の割り当てや経理方式の違いで数字がずれていることがあります。
大きな単位から小さな単位へ、次の順に弥生の数字と突き合わせると、ずれた場所を絞り込みやすくなります。
| 確認すること | freee会計で見る場所 | 突き合わせる相手 | 合わないときに見る箇所(目安) |
| 1. 開始残高の合計と科目ごとの残高 | [その他設定]→[開始残高]、[会計帳簿]→[貸借対照表] | 弥生の前期末の残高試算表 | 決算整理の前の数字を取り込んでいないか |
| 2. 口座ごとの残高 | 貸借対照表の流動資産欄(口座ごとに表示される) | 通帳・ネットバンキングの残高 | 預金の種類ごとの残高を、どの口座に割り振ったか |
| 3. 取引先ごとの売掛金・買掛金 | 貸借対照表で「表示するタグ」を[取引先]にする | 弥生の補助残高一覧表 | 補助科目を取引先ではなく品目に割り当てていないか |
| 4. 取り込んだ仕訳(期中に乗り換えた場合) | [インポート履歴]から登録された振替伝票 | 弥生の月次の残高試算表 | 経理方式の設定、部門の割り当て |
| 5. 固定資産と減価償却費(法人) | [決算申告]→[固定資産台帳] | 弥生の固定資産一覧 | 台帳からの自動作成と、取り込んだ仕訳の重複 |
右端の列は、freeeのヘルプの記載ではなく、取り込みの仕組みから考えられる目安です。
合わないときは「仮説を立てて処理し、数字で確かめる」を繰り返す
差額が出たら、ずれた箇所の見当をつけて直し、同じ表で照合し直す作業を繰り返します。
タクシタ運営チームが開催した別のセミナーでは、経理部門の責任者が、処理方法がわからない業務について過去の情報から仮説を立てて処理し、会計データや残高と照合する作業を何度も繰り返したと説明しています。
この進め方で、前任者の処理が遡れず残高が合わない状態だった会社の経理を立て直し、決算を約半月早めた例もあります。
移行も、取り込んだ直後に一度で完成させるより、最初の月次締めや決算で見つかったずれを手順に戻していく前提で計画すると、無理なく進めやすくなります。
作業日数の目安と、移行を誰が担うか
freeeのヘルプでは、開始残高のインポート自体は約1〜2分で終わるとされていますが、実際の日数を左右するのは口座の登録、対応表づくり、転記、照合です。
自社で進める場合は、照合と直しまで含めて日程を組んでおきましょう。
freeeの窓口に頼む方法もあり、サポートデスクの無料の乗り換え代行は個人のプレミアムプランが対象(最大1期分・1回)で、法人は営業担当者への問い合わせが案内されています。
法人向けには、正社員20名以下・設立2年目以降などの条件を満たす場合に、「freee会計コンシェルジュ」が無料で乗り換えを支援すると案内されており、移行元の対象には弥生会計のインストール版とオンラインが含まれます(データがそろってから最低2〜3週間程度、業種や契約内容によっては有償の導入支援の案内になる場合あり)。
顧問税理士がfreeeの認定アドバイザーであれば、アドバイザー向けの会計データ移行サービス(データの受領後4〜8営業日が目安)を利用できる場合もあります。
出典:freeeヘルプセンター「サポートデスクにデータ移行を依頼する」「【アドバイザー向けガイド】会計データ移行サービスを申し込む」、freee会計コンシェルジュ紹介ページ(2026年11月2日確認)
どの方法を選ぶ場合も、税務代理・税務書類の作成・税務相談は税理士の独占業務とされているため(参考:e-Gov法令検索「税理士法」)、消費税の経理方式など税務の判断を伴う部分は顧問税理士と分担しておくと安心です。
なお、個別の判断については税理士にご確認ください。
▷freee導入支援の費用相場と依頼先3タイプ!導入だけか運用までかの判断軸も解説
▷freee対応の記帳・経理代行サービスおすすめ11選!料金相場や失敗しない選び方を徹底比較
移行後の記帳や月次締めまで相談できる「タクシタ経理」
タクシタ経理は、タクシタシリーズ累計2,000社以上の導入実績をもつ、株式会社kubellパートナーの経理代行サービスです。
記帳・経費精算・決算関連の補助業務に加え、クラウド会計システムの導入支援・選定と、業務フローの設計からマニュアル作成までを依頼できる業務として公開しています。
freee会計は対応クラウドの例に挙がっているため、freeeでの新しい入力の流れの設計と、その後の記帳・月次締めを続けて相談できる経理チームとしてご活用いただけます。
料金は経理業務全般で月額5万円〜(従業員10名の例)、会計ソフトの導入支援を含む経理部門の立ち上げで月額25万円〜(従業員30名の例)が目安で、業務量に応じた個別見積もりです。
まとめ
弥生会計からfreee会計へは、勘定科目・補助科目・開始残高・仕訳データ・固定資産データ(法人のみ)を移行できると、freeeのヘルプで案内されています。
デスクトップ版は弥生専用の取り込み機能、弥生会計 オンラインはテンプレートへの転記と経路が分かれるため、まず自社の版を確かめましょう。
時期は「期首か期中か」と「前期と比べるか」の組み合わせで決まり、期首で前期と比べない場合は開始残高の設定だけで済みます。
取り込んだ後の残高確認と、対応表・作業記録を残すことまでを移行作業に含めて計画すると、担当者が替わっても運用を続けやすくなります。
弥生会計からfreeeへのデータ移行に関するよくある質問
弥生会計のデータはすべてfreeeに移せますか?
freeeのヘルプで移行できるとされているのは、勘定科目・補助科目・開始残高・仕訳データ・固定資産データ(法人のみ)です。口座の同期設定や証憑の画像は一覧に入っていないため、freee側で設定し直す前提で準備しておくと安心です。
弥生会計 オンラインからも移行できますか?
freeeのヘルプでは、弥生会計 オンラインの仕訳データは、freeeの仕訳テンプレートに転記することで取り込めると案内されています。デスクトップ版向けの「弥生会計仕訳インポート」とは経路が異なるため、転記の手間を見込んで日程を組んでください。
期の途中でもfreeeに乗り換えられますか?
freeeのヘルプでは期中の乗り換えも想定されており、当期の期首時点の開始残高を登録したうえで、期首から直近までの仕訳を取り込む流れが案内されています。前期との比較もしたい場合は、前期の会計年度に切り替えて前期期首の開始残高と前期分の仕訳を登録し、前期の年度締めをしてから今期分の仕訳を取り込む流れになります。
freeeに移行作業を頼むことはできますか?
サポートデスクによる無料の乗り換え代行は、個人のプレミアムプランが対象とされています。法人は営業担当者への問い合わせが案内されているほか、正社員20名以下・設立2年目以降などの条件を満たす法人には「freee会計コンシェルジュ」による無料の乗り換え支援が案内されています。条件や内容は変わる場合があるため、freeeの最新の案内をご確認ください。
移行が終わったら弥生はすぐ解約してよいですか?
弥生会計で付けていた過去の帳簿も保存が必要です。国税庁によると、法人の帳簿書類は確定申告書の提出期限の翌日から原則7年間(青色繰越欠損金が生じた事業年度などは10年間)の保存とされています(参考:国税庁「No.5930 帳簿書類等の保存期間」)。解約の前に過去の帳簿をどの形式で残すかを決め、個別の判断は税理士にご確認ください。
データ移行は税理士に頼む必要がありますか?
取り込みの手順はfreeeのヘルプで公開されています。ただし消費税の経理方式や決算整理など、税務の判断を伴う部分は顧問税理士にご確認ください。
3分でわかるタクシタ経理
タクシタ経理なら、クラウド会計の導入支援や業務フローの設計から、移行後の記帳・経費精算・月次決算の帳簿締めまでをご相談いただけます。freee会計や弥生会計オンラインなど主要なクラウド会計に対応し、月額5万円〜でご依頼いただけます。


